بسیاری از خواص پروتئین آب پنیر در ساختار آن است. آب پنیر مایعی است که در اثر تبدیل شیر به پنیر باقی می‌ماند. پروتئین موجود در آب پنیر یکی از دو پروتئین اصلی در شیر است و پروتئین دیگر کازئین نامیده می‌شود. (هنگامیکه یک ماده اسیدی مثل سرکه با شیر مخلوط می‌شود این دو پروتئین از شیر جدا می‌شوند. پروتئین کازئین به صورت ذرات ریز به فرم جامد به نام کشک محیط را ترک می‌کند و آب پنیر به صورت مایع باقی می‌ماند.)

پروتئین آب پنیر ممکن است در محصولات غذایی پخته مورد علاقه شما و یا بستنی به عنوان جانشین چربی ها، بدون استفاده از چربی واقعی به کار می‌رود.

شبیه تمام پروتئین ها، پروتئین آب پنیر از بلوک‌هایی به نام آمینو اسید ساخته شده است. پروتئین در بدن در درجه اول برای ساخت عضلات و ترمیم بافت‌ها به کار می‌رود. وقتی غذا در بدن هضم می‌شود، پروتئین به آمینو اسید‌ها شکسته می‌شود و سپس این آمینو اسید برای ساخت پروتئین جدید به کار می‌رود.

(رشته‌های بدنسازی) بدنسازان برای پروتئین آب پنیر به عنوان منبع خوبی از آمینو اسید لوسین، ایزولوسین و والین ارزش زیادی قائل هستند.

مطالعات اولیه پروتئین آب پنیر را با سیستم ایمنی قوی‌تر و استقامت ورزشی مرتبط دانسته است. اما مکمل‌های پروتئین آب پنیر به عنوان یک راه برای افزایش انرژی، مبارزه با استرس و بهبود تمرکز ذهنی، طرفداران زیادی را جلب کرده اند. مطالعات اولیه دلالت می‌کند که پروتئین آب پنیر در توانایی مبارزۀ بدن با سرطان نقش دارد. همچنین گفته می‌شود که پروتئین آب پنیر به کنترل قند خون، کاهش کلسترول خون، درمان آسم و احتمالاً پیشگیری از آلرژی کمک می‌کند.